JAR檔案可以可選地在META-INF目錄中包含名為MANIFEST.MF的Manifest檔案。Manifest檔案包含有關JAR檔案及其條目的資訊。Manifest檔案可以包含有關JAR檔案的CLASSPATH設定及其主條目類的資訊。
主條目類是具有啟動獨立應用程式的main()方法的類，包的版本資訊等。
manifest檔案被分成由空白行分隔的部分。每個部分包含名稱 - 值對。 一個新行分隔每個名稱/值對。冒號分隔名稱及其對應的值。
清單檔案必須以新行結束。以下是樣本清單檔案：
Manifest-Version: 1.0
Created-By: 1.8.0_20-ea-b05 (Oracle Corporation)
Main-Class: com.yiibai.Main
Profile: compact1
上面的manifest檔案有一個具有四個屬性的部分：
manifest檔案中有兩種型別的部分：主部分和各個部分。
空行必須分隔任何兩個部分。主部分中的條目適用於整個JAR檔案。單個部分中的條目適用於特定條目。
單個部分中的屬性覆蓋主部分中的相同屬性。單個條目以「Name」屬性開頭，其值是JAR檔案中條目的名稱，後面是該條目的其他屬性。
Manifest-Version: 1.0
Created-By: 1.6.0 (Sun Microsystems Inc.)
Main-Class: com.yiibai.Main
Sealed: true
Name: book/data/
Sealed: false
Name: images/logo.bmp
Content-Type: image/bmp
上面的清單檔案包含三個部分：一個主部分和兩個單獨部分。
在兩個部分之間有一個空白行。
第一個單獨部分指示包裝書/資料未被密封。 這個單獨的section屬性「Sealed：false」將覆蓋主部分的屬性「Sealed：true」。
第二個單獨部分用於名為images/logo.bmp的條目。它表示條目的內容型別是bmp型別的圖片。
jar命令可以建立預設 Manifest 檔案並將其新增到JAR檔案。預設清單檔案僅包含兩個屬性：Manifest-Version和Created-By。可以使用選項M告訴jar工具忽略預設Manifest檔案。
以下命令將建立一個test.jar檔案，而不新增預設Manifest 檔案：
jar cMf test.jar *
jar命令提供了自定義Manifest檔案內容的選項。選項m指定具有Manifest檔案內容的檔案。
jar命令將從指定Manifest檔案讀取名稱/值對，並將其新增到MANIFEST.MF檔案。
假設有一個名為manifest.txt的檔案，其中有一個屬性條目。請確保在檔案末尾新增新行。 檔案內容如下：
Main-Class: com.yiibai.Main
要通過將當前工作目錄中的所有類檔案包含在新的test.jar檔案中，從manifest.txt檔案中新增Main-Class屬性值，請執行以下命令：
jar cfm test.jar manifest.txt *.class
指定選項m時，還必須指定Manifest檔案名。指定新JAR檔案名和Manifest檔案名的順序必須與選項m和f的順序匹配。
例如，可以通過以不同的順序指定f和m選項來更改上述命令，如下所示：
jar cmf manifest.txt test.jar *.class
此命令將向test.jar檔案新增具有以下內容的manifest檔案：
Manifest-Version: 1.0
Created-By: 1.8.0_20-ea (Oracle Corporation)
Main-Class: com.yiibai.Main
如果未在manifest檔案中指定manifest檔案和建立者屬性，這工具將會自己新增它們。它預設的manifest版本為1.0。建立者預設為使用的JDK版本。
以下程式碼顯示如何使用java命令執行Java程式，並指定具有main()方法的類名，如下所示：
java com.yiibai.Main
com.yiibai是包名稱。可以使用-jar選項與java命令執行jar檔案，如下所示：
java -jar test.jar
當執行上述命令時，JVM將在test.jar檔案中的MANIFEST.MF檔案中查詢Main-Class屬性的值，並嘗試執行該類。
如果在test.jar檔案中未包含Main-Class屬性，則上述命令將生成錯誤。
還可以在manifest檔案中新增Main-Class屬性值，而無需建立自己的manifest檔案。
在建立/更新jar檔案時，使用選項e與jar工具。以下命令將在test.jar檔案中的MANIFEST.MF檔案中新增com.yiibai.Main作為Main-Class的值：
jar cfe test.jar com.yiibai.Main *.class
以下命令將使用選項u 將com.yiibai.Main用來更新新增到test.jar檔案中MANIFEST.MF檔案中Main-Class的值：
jar ufe test.jar com.yiibai.Main
可以在其manifest 檔案中為JAR檔案設定CLASSPATH。屬性名稱叫作類路徑，必須在自定義清單檔案中指定。 它是一個空格分隔的jar檔案，zip檔案和目錄的列表。 manifest檔案中的Class-Path屬性看起來像 -
Class-Path: Main.jar file:/c:/book/ https://www.tw511.com/tutorial.jar
上面的條目有三個CLASSPATH專案：一個JAR檔案Main.jar，一個使用檔案協定檔案的目錄：c:/book/和另一個使用HTTP協定的JAR檔案https://www.tw511.com/tutorial.jar。
java -jar test.jar
當使用java命令使用-jar選項執行JAR檔案時，將忽略JAR檔案(在上述情況為test.jar檔案)的 manifest檔案之外的任何CLASSPATH設定。Class-Path屬性的另一個用途是使用jar工具的選項i生成所有包的索引。
以下命令將為test.jar檔案中清單檔案的Class-Path屬性中列出的所有JAR檔案中的所有包生成索引：
jar i test.jar
在JAR檔案中封裝包意味著該包中宣告的所有類必須存檔在同一個JAR檔案中。要在JAR檔案中封裝包，請包括兩個屬性：Name和Sealed。 Name屬性的值是包的名稱，Sealed屬性的值為true。
manifest檔案中的以下條目將封裝名為com.yiibai的包。 程式包名稱必須以正斜槓(/)結尾。
Name: com/yiibai/ Sealed: true
預設情況下，JAR檔案中的所有包都不會被封裝。 如果想要密封JAR檔案本身，則可以包含Sealed屬性，如下所示：
Sealed: true
封裝JAR檔案將會封裝該JAR檔案中的所有包。 但是，可以通過不單獨密封包裝來覆蓋它。manifest檔案中的以下條目將封裝JAR檔案中的所有包，除了book/tutorial/package之外：
Sealed: true
Name: book/tutorial/
Sealed: false